Після розпаду СРСР перед незалежною Україною гостро постало питання створення воєнної розвідки, адже раніше подібні структури підпорядковувались Москві. З метою захисту територіальної цілісності та суверенітету України, паралельно із становленням ЗСУ розпочалось створення системи воєнної розвідки.
Відповідно до Указу Президента “Про Управління воєнної стратегічної розвідки Міністерства оборони України” 07 вересня 1992 року у складі оборонного відомства створили стратегічний розвідувальний орган. Ця подія і започаткувала воєнну розвідку незалежної України.
Нова структура воєнної розвідки України фактично створювалася на основі комплекту сил і засобів розвідки Київського, Одеського, Прикарпатського військових округів, армії протиповітряної оборони, 17 повітряної армії, частково Чорноморського флоту та з’єднань і частин центрального підпорядкування.
06 липня 1993 року на базі управління розвідки Головного штабу ЗСУ та Управління воєнної стратегічної розвідки Міноборони розпочалось формування Головного управління військової розвідки України.
14 квітня 1994 року Указом Президента України Головне управління військової розвідки було перейменовано в Головне управління розвідки Міністерства оборони України (ГУР МО України). З того часу почала розвиватись комплексна, ефективна та багаторівнева система воєнної розвідки ЗСУ.
22 березня 2001 року Верховною Радою України ухвалено Закон “Про розвідувальні органи України” — Головне управління розвідки Міністерства оборони України одержало статус спеціального органу державної влади.